Oltre alla Presidenza, presso la sede di Monte Mario si riuniscono di norma il Consiglio di Amministrazione  e il Consiglio Scientifico. 

Presso la sede centrale operano anche la Direzione amministrativa e altri Uffici con compiti diversi.

L'INAF ha 2 dipartimenti scientifici: il Dipartimento Strutture di Ricerca e il Dipartimento Progetti di Ricerca.

Il primo coordina le Strutture, ripartendo le risorse umane, finanziarie e strumentali necessarie al funzionamento delle stesse e allo svolgimento dei progetti di ricerca inclusi nel Piano di Attività.
Questo Dipartimento, attraverso i diversi servizi, assicura la conservazione e la valorizzazione del patrimonio bibliografico, storico e museale dell’INAF, promuove e realizza, in collaborazione con le Università o in proprio, attività di alta formazione e promuove inoltre la diffusione delle conoscenze scientifiche nelle materie di competenza e la divulgazione scientifica a fini educativi.

Il secondo ripartisce invece le risorse assegnategli dal Piano di attività ai progetti di interesse nazionale, assicurando agli stessi supporto gestionale. Assicura lo sviluppo, la realizzazione e la gestione ottimale dei sistemi informatici, delle reti, del supercalcolo e degli archivi astrofisici. Cura il raccordo con l’Agenzia Spaziale Italiana nell’ambito dei programmi di astrofisica spaziale.